Siegfried Mauser absolvierte zunächst eine Klavierausbildung bei Rolf Koenen, Rosl Schmid und Alfons Kontarsky an der Münchner Musikhochschule. Parallel studierte er an den Universitäten in München und Salzburg die Fächer Musikwissenschaft, Philosophie und Kunstgeschichte. Nach seiner Promotion über das Musiktheater der Zweiten Wiener Schule war er von 1981 bis 1983 als Dozent an der Münchner Musikhochschule, an der Universität Salzburg und am Mozarteum tätig. Von 1984 bis 1988 hatte er eine Professur für Klavier an der Hochschule in Würzburg inne, danach kehrte er zurück nach Salzburg, wo er das Forschungsinstitut für musikalische Hermeneutik gründete, das seit 1999 Teil des Fachbereichs Musikwissenschaft ist. Im Oktober 2003 wurde er schließlich zum Rektor der Musikhochschule in München ernannt. Siegfried Mauser ist Träger des Bayerischen Kulturförderpreises und seit 1990 Mitglied der Bayerischen Akademie der schönen Künste. Regelmäßig konzertiert er als Solist und Kammermusiker im In- und Ausland, u.a. beim Schleswig-Holstein Musikfestival und der Münchener Biennale, in Berlin, Hamburg, Wien, London, Paris und den USA. Mauser hat eine Reihe von Schallplattenaufnahmen eingespielt, darunter das komplette Klavierwerk von Hindemith, Zemlinsky und Hartmann. Außerdem hat er zahlreiche Bücher und Schriften zu musikwissenschaftlichen Themen veröffentlicht und fungiert als Herausgeber diverser Buchreihen.